YouTubeにアップロードされた動画をサイトに埋め込むのは凄く簡単です。
ですが、なんでも自由にサイトに埋め込めこんでいい訳ではありません。特に「アフィリエイト(広告収入)」が絡むと、著作権者の許可が必要になる場合もあるので注意が必要です。
ちなみに、ネット上の著作権は曖昧というか、黙認されている部分もあるので、僕の口から「違法です!」「違法ではありません!」なんて断言することはできませんし、グレーな部分をどれだけ調べても明確な答えは出てきません(厳密に言えばほとんどがOUTです)。
どうしても気になるのであれば、著作権者に直接問い合わせて下さい。
違法動画の埋め込みはおすすめしない
再生しようとした動画が削除されていたことはありませんか?

YouTubeの再生できない動画
違法動画のアップロードを繰り返しているアカウントは、停止される可能性があります。また、著作権侵害の申し立てがあれば動画は削除されます。
違法にアップロードされた「ドラマ」「映画」「アニメ」「音楽」を埋め込んでも、時間が経てば閲覧できない動画ばかりになになります。記事が増えれば管理しきれません。
また、著作権についてはニコ動を埋め込んだら著作権侵害等になる? | BLOGOSの様な判例が出ています。最初から違法にアップロードされた動画と知っておきながらサイトに埋め込んだ場合や、著作権者と名乗る人物から抗議を受けたにも関わらず直ちに削除しなかった場合は、「著作権侵害の幇助責任」が問われる可能性もあるので注意して下さい。
公式チェンネルの音楽PVでも注意が必要
YouTubeには、公式チャンネルがアップロードした音楽PVもたくさんあります。

OFFICIAL WEBSITE(公式)がアップロードした動画
公式チャンネルがアップロードした動画ですから、著作権については問題ありません。
ですが、JASRAC管理楽曲には注意が必要です。
個人が広告収入を得て運営するサイトは、動画投稿サイトにアップロードされたJASRAC管理楽曲の動画をタグ貼り付け・埋め込みの方法で利用する場合、JASRACと許諾契約を結ぶ必要があります。もちろん、公式チャンネルがアップロードした音楽PVも含まれます。

アフィリエイトサイトとJASRAC管理楽曲
分かり易く言うと、「JASRACに利用料を支払え」ってことです。動画投稿サイトのJASRAC管理楽曲を許諾契約なしで利用できるのは、「個人が広告収入を得ずに運営するサイト」だけです。
動画を伴う配信のQ&A動画投稿サイトのタグ貼り付け機能を利用して、自分のホームページに貼り付けたいのですが | OKBIZにも同じことが書かれています。
また、歌詞は一部掲載するだけでも許諾契約手続が必要になります。JASRACから「音楽の著作権手続きについて」といった連絡を受けた方もいるので注意して下さい。
ただ、アメーバブログの様に「ブログサービスの運営事業者がJASRACの許諾を得ている」場合は条件付きで歌詞掲載が可能となっています。詳細は個人ブログ等におけるJASRAC管理楽曲の歌詞掲載について及びJASRAC管理楽曲の歌詞掲載が可能になりましたで確認して下さい。
違法動画の掲載を禁止している広告主
違法動画の埋め込みを禁止している広告主もいます。
例えば楽天アフィリエイトは、画像の無断利用(権利侵害)について商品名及びテキストの表記方法についてで、違法動画をサイト上のどこかに掲載することを禁止しています。

楽天アフィリエイトの規約違反
Google AdSenseも著作権で保護されたコンテンツで、著作権で保護されているコンテンツを扱っているか、そのようなコンテンツに直接リンクすることを禁止しています。
当たり前ですが、違法なコンテンツを使って広告収入を得るのはやめましょう・・・。
最後に
YouTubeの動画をサイトに埋め込むのは簡単ですが、他人の知的財産を利用するのは非常に難しいことです。また、「動画を何に利用したのか?」によっても状況は変わってきます。
中には、著作権者の許諾を得ている方もいますし、サイトが広告収入を得ているかでも判断は異なりますから、他人がやっているから大丈夫という考え方は非常に危険です。
ただ、どれだけ気をつけていても、著作権を侵害してしまう可能性は誰にだってあります。こんな記事を書いている僕もグレーな部分はあります。
ですから、どうしても分からない時は、「違法ですか?捕まりますか?」といった部分ではなく、「著作権者に不利益が生じていないか?」「著作権者がそのサイトを見てどう思うか?」「著作権者に自信を持ってサイトを見せられるか?」で判断してみてはどうでしょう。
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